Podczas licznych wizytacji dostrzegał osoby konsekrowane, którym ostra reguła nie pomogła w nawiązaniu głębokich relacji z Bogiem. Równocześnie poznał wspaniałomyślne kobiety, pragnące oddalić się od nawału spraw świata, by żyć tylko dla Boga, lecz ze względu na zdrowie nie mogące poddać się surowym wymaganiom klasztorów zreformowanych. Zmuszone były „żyć wśród zgiełku świata, nieustannie narażone na okazje do grzechu lub przynajmniej na utratę gorącej pobożności” – jak sam mawiał. Pragnął zatem, w stworzonej przez siebie wspólnocie, większy nacisk położyć na stronę wewnętrzną przepisów życia kontemplacyjnego, umożliwiając przez to przyjęcie młodych i starszych, silnych i słabych, nawet wdów, wolnych od rodzinnych obowiązków. Prawdziwa świętość rodzi się bowiem w sercu człowieka – nawet największe pokuty są mało skuteczne bez pokory, posłuszeństwa i czystej intencji.
W realizacji tego planu przyszła Biskupowi z pomocą baronowa Joanna Franciszka de Chantal, trzydziestodwuletnia wdowa, którą po raz pierwszy spotkał w Dijon 1604 r., głosząc kazania pasyjne. Jej mąż, oficer w armii Henryka IV, został przez przypadek zabity podczas polowania. Po ośmiu latach szczęśliwego małżeństwa Joanna została sama z czworgiem dzieci, z których najmłodsze miało zaledwie trzy tygodnie. Gdy po raz pierwszy ujrzała wchodzącego na ambonę biskupa Franciszka Salezego zorientowała się, że to jego właśnie ujrzała w wizji, jaką miała podczas przejażdżki konnej. Usłyszała wówczas wewnętrzny głos: „Oto mąż umiłowany przez Boga i ludzi, w jego ręce masz złożyć swoje sumienie”. Także i Franciszek dostrzegając Joannę w tłumie słuchaczy przypomniał sobie widzenie, którego doświadczył podczas modlitwy na zamku Salezych. Początkowo nie rozumiał jego sensu. Z czasem już wiedział, że Bóg ukazał mu zalążek zgromadzenia zakonnego, którego baronowa Joanna Franciszka miała być matką, a on założycielem. Po latach napisał: „Znalazłem w Dijon to, czego Salomon na próżno szukał w Jerozolimie, to jest „niewiastę mężną” w osobie pani de Chantal”. Podejmując się kierownictwa duchowego, biskup Salezy ułożył dla niej regulamin, w którym przewidział ćwiczenia duchowe, umartwienia, uczynki miłosierdzia, obowiązki towarzyskie i rodzinne. Wszystko jednak nakazywał czynić z miłości, nic z przymusu, bardziej miłować posłuszeństwo niż obawiać się nieposłuszeństwa. Swoją cierpliwą miłością pomagał jej usuwać skrupuły i pokusy przeciw wierze, wyciszać i rozwijać gorącą, niespokojną duszę. W ten sposób przygotowywał ją do przyszłej roli współzałożycielki nowego zakonu. Trzy lata pracy formacyjnej nie poszły na marne. Świadczy o tym dialog, jaki rozegrał się między nimi w Annecy 4 czerwca 1607 r., po uroczystości Zesłania Ducha Świętego:
– No dobrze, moja córko, już postanowiłem, co mam z tobą zrobić.
– A ja, Ekscelencjo i mój Ojcze, zdecydowałam, że będę posłuszna. Po tych słowach uklękła, a święty biskup kontynuował:
– Trzeba, byś wstąpiła do Zakonu Klarysek.
– Mój Ojcze, jestem całkowicie gotowa.
– Nie, nie jesteś dostatecznie silna, musisz być siostrą szpitalną z Beaune.
– Co tylko się Ojcu spodoba.
– Nie, to jeszcze nie to, czego chcę, będziesz Karmelitanką.
– I na to jestem gotowa.
– Tak, lecz właściwie nic z tego nie jest dla ciebie odpowiednie.
I opowiedział jej o zamiarach względem nowego zakonu. W miarę jak św. Franciszek Salezy przedstawiał swoje plany, baronowa czuła się coraz bardziej zalana wewnętrznym światłem i radością. Ten pamiętny dzień stał się świętem Zwiastowania nowego instytutu. Fiat „matki” dało mu początek życia. Pozostały jednak do pokonania liczne trudności. Joanna Franciszka, jako głowa rodziny, musiała zatroszczyć się o ojca i teścia, a także zapewnić wykształcenie swoim nieletnim dzieciom. Bóg jednak na wszystko znalazł rozwiązanie. Gdy trzy lata później 29 marca 1610 r. wyjeżdżała do Annecy, aby rozpocząć życie zakonne, syn Cels Benignus, powierzony opiece ojca, przysposabiał się do służby wojskowej na królewskim dworze. Franciszką zajęła się starsza córka Maria Amata, żona brata biskupa Salezego Bernarda de Thorens, natomiast najmłodsze dziecko, Karolina zmarła po krótkiej chorobie w styczniu 1610 r. (cdn.).
s. Maria Bernadeta Wysocka OVM