Na szczególną uwagę zasługuje fasada kościoła, dwukondygnacyjna, z trójkątnym przyczółkiem. W jej dolnej części znajdują się kamienne posągi św. św. Piotra i Pawła, w górnej kondygnacji św. św. Floriana i Kazimierza oraz św. Michała Archanioła i Anioła Stróża.

U szczytu fasadę zdobią dwie płaskorzeźby: św. Franciszka Salezego, unoszonego na obłoku przez aniołków oraz scena „Nawiedzenie św. Elżbiety”. Portal, z korynckimi kolumnami, zwieńczony jest półkoliście; znajdują się w nim drewniane drzwi obite żelazną blachą ozdobioną kratownicą i ornamentami. Marmurowa tablica, umieszczona nieco wyżej informuje o Patronie i Fundatorze kościoła.

Niezwykle dekoracyjny jest późnorenesansowy balkon nad portalem. Służył on trębaczom podczas uroczystych procesji.

Ciekawym zabytkiem jest również zegar słoneczny na elewacji klasztoru z sentencją
„Życie – sen krótki”.

Wnętrze jednonawowej świątyni zachwyca bogatą ornamentyką baroku.
Obok ołtarza głównego znajduje się sześć bocznych ołtarzy oraz późnobarokowa ambona.

Ołtarze poświęcono:

• św. Joannie Franciszce de Chantal, współzałożycielce Zakonu Nawiedzenia NMP. Został tu umieszczony koronowany wizerunek Matki Bożej Nieustającej Pomocy przywieziony z Rzymu przez kard. Albina Dunajewskiego,
• Najświętszemu Sercu Pana Jezusa z relikwiarzem św. Małgorzaty Marii Alacoque, Wizytki z Paray-le-Monial, której Pan Jezus objawił tajemnice Swego Serca,
• Ukrzyżowanemu Chrystusowi,
• św. Marii Magdalenie. W dolnej części mensy ołtarza złożone są relikwie św. Fruktuozego – męczennika z pierwszych wieków chrześcijaństwa, ofiarowane przez królową Marię Sobieską,
• św. Janowi Chrzcicielowi – patronowi Fundatora kościoła,
• św. Augustynowi, twórcy reguły zakonnej, na której św. Franciszek Salezy oparł Konstytucje dla Sióstr Wizytek.

Sklepienie kościoła Sióstr Wizytek pokrywa polichromia przedstawiająca sceny z życia świętych Założycieli i historię krakowskiego zgromadzenia. Jest to efekt pracy renowacyjnej malarza Andrzeja Radwańskiego po pożarze w 1755 r., który obejmując zabudowania klasztorne spowodował duże zniszczenia także w kościele. Uległy wówczas spaleniu chór muzyczny i organy. Uszkodzony został ołtarz główny i ołtarze boczne. Freski na sklepieniu wymagały kompletnej restauracji. Stosunkowo szybko odnowiono ołtarze boczne, a ołtarz główny z obrazem św. Franciszka Salezego adorującego Matkę Bożą z Dzieciątkiem zyskał w górnej kondygnacji obraz pędzla Pawła Pieleszyńskiego „Nawiedzenie”.

Kościół Sióstr Wizytek gościł w swoich murach niejednego dostojnika kościelnego. Właśnie tutaj święcenia kapłańskie przyjął późniejszy prymas polski kard. August Hlond, a w 1931 r. świętował 25-lecie tego wydarzenia. Chętnie odwiedzał go również kard. Albin Dunajewski – przed nominacją wieloletni spowiednik i kapelan Sióstr. Od kard. Adama Stefana Sapiehy datuje się tradycja corocznej celebracji Mszy św. przez kolejnych arcypasterzy w dzień św. Franciszka Salezego. Pozostawał jej wierny także kard. Karol Wojtyła, późniejszy Ojciec Święty.